一戰爆發後,哈伯強烈的國家認同讓他自願將科學研究完全武器化,他打破了當時的國際公約,全力主導開發化學武器(Chemical Weapons),在1915年的伊普爾戰役(Battle of Ypres)中, 哈伯親自到前線指揮釋放168噸的氯氣(Chlorine gas),這場歷史上首次的大規模化武攻擊,當場造成協約國軍隊5,000人死亡,哈伯深信毒氣能讓戰爭更快結束的科學理性, 這讓同為化學家、且堅決反對化武的妻子克拉拉·伊默瓦爾(Clara Immerwahr)痛苦萬分,克拉拉對科學有著純粹的理想,公開譴責丈夫的毒氣研究是對化學權威的公然褻瀆, 認為本該帶來新生的科學如今卻用來毀滅,哈伯則冷酷地反駁,認為克拉拉的抗議只是屬於家庭主婦的幼稚感性,兩人在觀念上的徹底決裂,最終讓克拉拉在哈伯慶祝勝利的當晚,選擇用丈夫的軍用手槍自殺, 用生命對這項毀滅性科技做出最沉痛的抗議
這場科技與道德的拉扯,也體現在哈伯與當時理論物理學大師阿爾伯特·愛因斯坦(Albert Einstein)的友情與辯論中,兩人在威廉皇帝物理研究所(Kaiser Wilhelm Institute for Physics)共事, 私交甚篤,卻在一戰爆發後走向完全對立的思想極端,愛因斯坦是堅定的和平主義者,主張科學應該超越國家,服務於全人類的福祉,因此他公開簽署反戰宣言,相反地,哈伯則展現了極端的民族主義, 留下了那句至今仍備受爭議的名言,在和平時期,科學屬於全人類,但在戰爭時期,科學只屬於祖國,這兩位天才科學家的世紀辯論,核心就在於科學家是否應該擁有高於國家主權的道德責任, 愛因斯坦痛心看著好友一步步淪為帝國的戰爭機器,而這場辯論也成了科學史上關於科學家社會責任最深刻的啟示
哈伯的盲目與悲劇,在戰爭結束後迎來最諷刺的結局,一戰後為了幫戰敗的德國償還1,320億金馬克(132 billion gold marks)的戰爭賠款,他瘋狂投入從海水中提取黃金的研究,最終以失敗告終, 更悲慘的是,哈伯在1920年代帶領團隊研發出一款用於穀倉消毒的殺蟲劑(Pesticide)齊克隆A(Zyklon A),但在1933年納粹黨(Nazi)掌權後,哈伯因為猶太血統遭到無情驅逐,隔年孤獨死於瑞士, 而他當年發明的齊克隆技術,隨後被納粹改造成奪命毒氣齊克隆B(Zyklon B),並在奧斯威辛(Auschwitz)等集中營內,殘忍屠殺包括哈伯自身親友在內、高達上百萬名猶太人, 愛因斯坦在戰後洞悉哈伯那段飽受折磨、充滿矛盾的命運,對哈伯與德國之間扭曲的愛國情結做出一段終極評價: 哈伯的一生,就是德國猶太人的悲劇,一場單戀的悲劇(Haber's life was the tragedy of the German Jew - the tragedy of unrequited love.)